La Conférence des Directeurs est l’organe de décision du Programme de Coopération AFRIMET.
Le Programme est doté d’un Secrétariat, composé du responsable du Bureau Régional pour l’Afrique de l’OMM et du Coordinateur du Programme désigné par l’AEMET. Le programme se structure en Projets, chacun desquels a un Point Focal technique dans l’OMM et un Point Focal coordinateur dans l’AEMET, qui gère le projet en étroit contact avec les Points Focaux locaux, responsables dans chacun des pays participant au projet en question. Les Projets se différencient en différentes Actions.

Le procesus de gestion du Programme s’effectue selon les phases suivantes :
1. Réunion de la Conférence des Directeurs, Analyse des besoins des pays et prise de décision. Adoption de la Déclaration et Plan d’Action.
2. Consolidation du Plan, et proposition économique, par le Secrétariat du Programme et les Points Focaux responsables des Projets.
3. Adoption des Actions par le Secrétariat. Développement des activités techniques et administratives par les Points Focaux technique, coordinateur et locaux, et le Secrétariat.
4. Rapports des Points Focaux locaux aux responsables des Projets.
5. Rapports des responsables des Projets au Bureau Régional pour l’Afrique de l’OMM et au Coordinateur d’AFRIMET dans l’AEMET.
6. Rapport du Coordinateur d’AFRIMET à la Conférence des Directeurs.

L’objectif principal de la Conférence est que tous les pays puissent travailler conjointement, pour pouvoir de cette manière être plus efficaces dans la détection des problèmes considérés et dans les décisions adoptées. Le programme de coopération AFRIMET se base sur le solide fondement de "l’appropriation" des SMHN du cours des actions, à travers des "Plans d’Actions" annuels spécifiques, qui quantifient les actions et établissent les dates. Le modèle de coopération entre les SMHN d’Afrique Occidentale essaye de trouver des synérgies qui doivent être le résultat de la mise en œuvre d’une approche régionale.

Les projets se développent tout d’abord dans quelques pays pilotes, pour ensuite continuer dans d’autres pays qui désirent se joindre dans les étapes suivantes, une fois que le succès est assuré.

Le soutien économique de la Conférence est un fond fiduciaire de AEMET déposé à l’ OMM. Il s’agit d’un "fond graine", orienté vers la création de capacité. Pour le passage des projets pilote aux services opératifs, des fonds supplémentaires seront nécessaires. Pour cette raison, des actions orientées vers la mobilisation des ressources pourront être considérées. La Conférence acceptera tout type de soutien économique par le biais des agences financières.